济宁医学院财务处是在校党委、校行政领导下，统一管理学校各项财务工作的唯一机构，是学校财务管理的职能部门。具体负责学校的财务管理、会计核算等。
财务处下设综合科、核算科、收费科、预决算管理科、绩效管理科、日照校区财务综合业务科6个科室。共有在岗人员16人。
财务处的主要任务是：充分利用学校资源依法多渠道筹集事业资金；合理编制学校预算，强化预算执行控制和管理；科学配置学校资源，努力节约支出，提高资金使用效益；规范贷款行为，防范金融风险；加强学校资产管理，防止国有资产流失，提高资产使用效益和经营效益；建立健全学校财务规章制度，规范学校经济秩序；如实反映学校财务状况，及时提供财务信息，为学校科学决策提供依据；对学校经济运行的合法性、合理性进行监督，防范财务风险。
财务处按照“开源节流、依法理财、绩效管理、优质服务”的要求来规范工作，履行职责。以提高综合管理水平和增强服务功能为宗旨,努力探索并逐步建立适合我校特点的现代财务管理模式，逐步拓宽服务功能，积极为学校各项事业的改革与发展提供保障，为把学校建设成为特色鲜明、国内知名的应用型现代医药科技大学做出积极贡献。